Поради липса на финанси напуска Пловдивското петокласно училище и работи като секретар на мирови съдия в с.Козлуджа.
Творческия си живот продължава като любител-актьор! 
Играе в Театър „Основа“(1889г.), Столичната драматична трупа (1890г.) и в театър „Сълза и смях“. 
Пише първата си драма „Бойко“.
Неговата отдаденост печели симпатията на артистите ,които му  съдействат да получава стипендия на МНП и заминава да учи музика в Милано (1898г.).
Последователно от 1899г. е диригент на музикалните дружества във Варна и Русе. Пипков е член на Ловешкото македоно-одринско дружество. След среща с Гоце Делчев създава текста и музиката на „Стига вече! - Химн на Македонския народ"
Работи като учител по музика в Ловеч. Като там Пипков е главно лице на музикалния живот в града ! 
На 9.05.1901 Панайот Пипков написва „Химн на св. св. Кирил и Методий“.
Съдбата на химна, наложил се с името „Върви, народе възродени“ от този ден до днес е известна на всички. Химнът започва да се пее масово из цяла България на празника на славянската писменост и култура .

Създава ученически църковен хор при църквата „Света Богородица“ (1901г.) и училищен хор при мъжкото петокласно училище. Ръководи градския духов оркестър. Пише хоровата творба „Напред в бой“, марш на 34-ти пехотен троянски полк за духов оркестър, марш на гимнастическото дружество „Осъмски юнак“, „Български всеучилищен химн Свети Свети Кирил и Методий“ и множество ученически песни. Капелмайстор на военния оркестър на 34-ти пехотен троянски полк (Ловеч) (1904г.).

По-късно се мести в София. Учител по музика в 1-ва и 2-ра девическа гимназии и Девическото педагогическо училище. През Войните (1912г.-1918г.) е капелмайстор на военен оркестър.
От 1918г. Пипков е диригент в Свободния театър. Поставя оперетите „Царицата на чардаша“ от Имре Калман, „Розата на Стамбул“ и „Есенни маневри“. Хормайстор на Народната опера в София. Артист и музикант в Софийския драматичен театър. Диригент на Градската духова музика и на първата духова музика на полицията. Когато е без работа е акордьор на пиана или е артист в трупата на Иван Попов и Вяра Игнатова.

Панайот Пипков пише и оперетите за деца „Щурец и мравка“, „Деца и птички“ и др. Автор на популярните хорови песни „Сладкопойна чучулига“, „Когато бях овчарче“ и „Де е България?“. Детските и училищните му песни са издадени в сборници в периода 1902-1904г. 
Умира на 25.08.1942г.

Клавирните му пиеси са едни от първите български образци в жанра.

На негово име има кръстени улици хор и училище! Посмъртно през 2001г.е обявен за почетен гражданин на Ловеч!

Негов син и наследник в дейността му е известният Любомир Пипков !